Florimond Desprez a inauguré à Cappelle-en-Pévèle un nouveau bâtiment pour son Laboratoire de Génétique et Biométrie. L'équipe collabore essentiellement aux WP5 et WP6 du programme AKER, avec l'apport de nouveaux outils et méthodologies.
Le Laboratoire de Génétique et Biométrie de Florimond Desprez se compose d'une équipe orientée sur les analyses bio-informatiques et sur la gestion des bases de données, et d'une autre spécialisée en génétique et statistiques. Les deux équipes travaillent en étroite collaboration pour mettre en synergie les connaissances et le savoir-faire de chacun. Dans ce laboratoire composé de neuf permanents, six participent activement au programme AKER.
Dans un souci d'amélioration de la communication des scientifiques du laboratoire avec leurs partenaires, le nouveau bâtiment comporte une salle de réunion équipée d'un système de visioconférence permettant de tenir des réunions à distance. Il dispose également d'un tableau interactif pour travailler à main levée sur des documents numériques.
Les calculs statistiques et le stockage d'une grande quantité de données étant au cœur du travail du Laboratoire de Génétique et Biométrie, des investissements informatiques importants ont été réalisés afin d'augmenter les capacités actuelles. Un cluster de calculs, composé de 10 processeurs (160 cœurs), de 1 280 Go de mémoire vive (RAM) et d'une capacité totale de stockage des données de 108 téraoctet (To) a été installé. Les utilisateurs sont tous reliés à ce cluster de calcul par des connexions à haut débit (fibre optique).
Dans le programme AKER, le Laboratoire de Génétique et de Biométrie de Florimond Desprez est fortement impliqué sur deux thèmes principaux.
Déséquilibre de liaison et Sélection génomique
L'équipe de génétique et statistiques est impliqué dans le WP5 et travaille en relation étroite avec Brigitte Mangin (INRA MIA Toulouse). Leurs travaux sont orientés sur l'analyse du déséquilibre de liaison et sur l'étude de l'intérêt de la sélection génomique en betterave sucrière. L'analyse du déséquilibre de liaison correspond à l'analyse de la liaison entre les gènes causaux, c'est-à-dire ceux qui expliquent quelque chose, et les marqueurs génétiques. Si un gène est en déséquilibre de liaison avec un marqueur, cela signifie que l'information au marqueur permettra de récupérer l'information au gène, on dit alors que le marqueur est lié au gène. Le déséquilibre de liaison est un outil au service des nouvelles méthodes de sélection, notamment la sélection génomique. « Cette dernière est une méthode de sélection reposant exclusivement sur des données génotypiques (issues de l'ADN) en l'absence d'information sur les performances propres (valeurs phénotypiques) des individus à sélectionner », explique Ellen Goudemand, responsable du WP5 au Laboratoire de Génétique et Biométrie.
Aker Information System
L'équipe bio-informatique, quant-à-elle, travaille essentiellement dans le WP6 en collaboration avec Delphine Steinbach (INRA URGI Versailles).
La première étape du WP6, qui s'est effectuée début 2013, consistait à transférer sous forme d'une coquille vide de données le système d'information GnpIS (Genoplante Information System) dans sa version actuelle chez Florimond Desprez afin que cet outil puisse servir à la gestion des données produites dans le cadre du programme AKER.
« La deuxième étape consiste à alimenter avec des données produites par AKER les systèmes d'information AIS (Aker Information System) basé chez Florimond Desprez et GnpIS basé à l'INRA URGI », précise Olivier Robert, directeur du Laboratoire de Génétique et Biométrie.
La troisième étape consiste, à partir de 2014, à améliorer conjointement les deux systèmes d'information en fonction des besoins du programme et à proposer à terme à la communauté scientifique nationale et internationale une version des données publiques d'AKER qui sera alors accessible à tous via GnpIS, sur le site web de l'URGI http://urgi.versailles.inra.fr/gnpis.
