« Donner de la puissance à la sélection grâce à la génétique statistique »
Souriante, n'aimant pas se mettre en avant, Brigitte Mangin est consciente de la difficulté d'expliquer son métier : la génétique statistique. Elle vient en appui méthodologique du programme AKER pour mettre en place de nouvelles méthodes de sélection innovantes.
Après des études à l'Université de Paris Orsay, Brigitte Mangin a fait une thèse à l'INRA de Toulouse, et elle ne s'est jamais détournée de sa première expérience ni de la Ville Rose. « Ma compétence, c'est la génétique liée à la statistique », dit-elle. Elle a connu l'arrivée des premiers marqueurs et des QTL (Quantitative Trait Loci) en 1989.
Brigitte Mangin a mis au point un logiciel financé par Génoplante baptisé « MC-QTL » (MC pour Multi Cross). « C'est un modèle statistique adapté pour n'importe quel type de croisement. Il permettra d'analyser les populations issues du croisement entre les 15 accessions et un unique parent élite au cours de deux dernières années du programme AKER dans le cadre du WP2 », poursuit Brigitte Mangin. Dès à présent, le travail est engagé avec l'aide d'un informaticien.
Mais c'est en tant que co-leader du WP5 avec Ellen Goudemand (Florimond Desprez) que Brigitte Mangin apporte sa plus grande contribution au programme AKER. Là, elle étudie le « déséquilibre de liaison ». De quoi s'agit-il ? « Il s'agit de la liaison entre les gènes causaux, c'est-à-dire ceux qui expliquent quelque chose, et les marqueurs génétiques ». Si un gène est en déséquilibre de liaison avec un marqueur, cela signifie que l'information au marqueur permettra de récupérer l'information au gène lié. « Si le déséquilibre de liaison est à courte portée, les liaisons détectées seront précises, mais il faudra beaucoup de marqueurs. En revanche, si le déséquilibre est à longue portée, il faudra moins de marqueurs, mais les liaisons seront moins précises ».
Le résultat obtenu permettra de calculer combien il faut de marqueurs pour analyser le génome correctement, autrement dit faire de la planification de génotypage. Pour faire ce travail, Brigitte Mangin s'appuie sur deux étudiants de niveau Master II, l'un cette année, l'autre en 2014.
Elle poursuit son explication : « le déséquilibre de liaison est au service des nouvelles méthodes de sélection, notamment la sélection génomique, de manière à l'optimiser ». C'est l'autre volet du WP5. Au final, qu'il s'agisse du WP5 ou du WP2, Brigitte Mangin a pour ambition d'apporter de la puissance à la sélection grâce à la génétique statistique. « La puissance du dispositif consiste à détecter plus souvent les gènes intéressants, en espérant aller jusqu'à 100 % de gènes, en optimisant le nombre de marqueurs. C'est en quelque sorte le désir de faire le mieux possible ».
Brigitte Mangin apprécie l'unité et la dynamique qui règnent dans le programme AKER, probablement due à sa taille « humaine ». « AKER, c'est une vraie communauté scientifique », conclut-elle.
