« Faire évoluer le système d'information »
Ingénieur développement et déploiement d'applications, Dorothée Charruaud travaille au sein de l'URGI à l'INRA de Versailles sur la mise au point et l'évolution permanente du système d'information dédié à AKER.
Dorothée a un parcours universitaire : master de biologie marine (microbiologie fondamentale et appliquée au domaine marin) à Brest (Université de Bretagne Occidentale), puis master professionnel de bioinformatique à Talence (Université de Bordeaux 1). Elle arrive en 2009 à l'URGI (Unité de Recherche en Génomique-Info) à Versailles, puis intègre le programme AKER à ses débuts en 2012. « Dans AKER, je capte les besoins des biologistes pour les retranscrire en interfaces graphiques au sein du système d'information », explique Dorothée.
Système adapté à la betterave
Elle développe le système d'information GnpIS (Genoplante Information System) en amont sous la responsabilité scientifique d'Anne-Françoise Adam-Blondon (INRA-URGI), et travaille en liaison permanente avec Daphné Verdelet, du Laboratoire de Génétique et Biométrie chez Florimond Desprez. Dorothée poursuit : « GnpIS est un système d'information intégré fonctionnel permettant de gérer les données INRA de génétique et de génomique pour les plantes et leurs champignons pathogènes ». Le système est adapté aux spécificités de la betterave et ses évolutions sont mises en production trois fois au cours de l'année. « AKER est le premier programme à développer et maintenir une version du système d'information GnpIS spécialisée pour la betterave », poursuit Dorothée.
En effet, l'architecture de GnpIS a été dupliquée pour le programme AKER sous l'intitulé AIS (AKER Information System). Une infrastructure permettant d'accueillir AIS a été mise en place par le Laboratoire de Génétique et Biométrie de Florimond Desprez. La base de données AIS permet de centraliser les données produites (ressources génétiques, génotypage, phénotypage, séquençage, etc.) dans le cadre du programme AKER et ainsi d'assurer leur pérennité. « En résumé, ce système d'information permet d'agréger les données et de les rendre accessibles. Il devra faciliter la visualisation des données essentielles aux moments clés du programme ».
Vers un AKER 2
Dorothée éprouve le plaisir de continuer à faire évoluer le système d'information AKER. « J'ai envie de voir se réaliser cette prévision de 4 % de croissance annuelle du rendement de la betterave, et je souhaite que le programme se poursuive durant de nombreuses années. J'aimerais même qu'il y ait un AKER 2 », conclut-elle.
