« On va traiter un grand nombre de données »
Optimiste, chaleureux, Pierre Devaux accompagne la recherche de la diversité génétique du programme AKER en utilisant les marqueurs moléculaires et en pratiquant le séquençage à grande échelle.
« Nous pouvons nous baser sur des acquis dans la tomate, le riz et le piment », déclare Pierre Devaux, Directeur du Laboratoire de biotechnologies chez Florimond Desprez, laboratoire transverse à toutes les espèces travaillées par le semencier, et leader du WP3.
Dès le départ, les chercheurs ont commencé à caractériser du point de vue moléculaire les 3.000 accessions récoltées par leurs collègues du WP2. « Pour cela, nous utilisons les marqueurs : SNP (Single Nucleotide Polymorphism) pour le matériel de sélection et DArT (Diversity Array Technology) pour l'ensemble y compris le matériel sauvage ». Ces dernières analyses ont été sous-traitées en Australie, et représentent au total 12 millions de points de marquage moléculaire. « Nous mesurons les distances génétiques, c'est-à-dire la diversité : plus la distance est importante, plus la différence est forte », poursuit-il.
Tandis que leurs collègues du WP2 ont sélectionné 15 accessions et réalisé leurs croisements avec du matériel élite, « de manière à introduire les allèles nouveaux qui n'existent pas dans la betterave », le WP3 va séquencer le génome de ces 15 accessions. « On va aligner les séquences des accessions sur la séquence de référence », indique Pierre Devaux, « de manière à mettre en évidence les différences et, à partir de celles-ci, mettre au point de nouveaux marqueurs moléculaires ».
WP2 et WP3 sont liés comme les doigts de la main : le WP2 va réaliser des rétrocroisements et le WP3 continuera à suivre ces rétrocroisements avec les marqueurs. « Le pic d'informations à traiter interviendra en 2017 », poursuit Pierre Devaux.
Ingénieur Polytech-Lille et titulaire d'une thèse de Doctorat d'Etat ès Sciences Naturelles, Pierre Devaux dirige un laboratoire de 20 personnes. Il s'estime être apporteur de technologies, d'outils, de méthodes pour le programme AKER. « Nous avons investi beaucoup dans des outils performants, nos robots sortent 10.000 données à l'heure, c'est le nombre de données qui change par rapport à nos programmes classiques, et on va forcément trouver des gènes intéressants ».
