Le génome diploïde (2n=18) de la betterave est de mieux en mieux connu : 9 chromosomes de base, 760cM, séquence génomique acquise (750Mb, 55.000 gènes). De nombreux outils de génomique sont disponibles (marqueurs SSR, nombreuses cartes génétiques, banques BAC, séquences EST...) ou en cours de développement (marqueurs SNP, carte physique). L'outil bioinformatique, qui en est encore à ses débuts, permet d'envisager des processus de sélection de moins en moins coûteux.

On constate que la variabilité génétique utilisée en sélection est de plus en plus étroite. L'amélioration génétique des plantes dépend cependant essentiellement de l'apport continuel de cette variabilité génétique. On peut estimer la variabilité réellement utilisée à moins de 20 % du total de la variabilité disponible. La variabilité allélique de l'espèce betterave est conservée essentiellement dans deux banques de graines internationales : USDA-GRIN pour les USA et ECPGR-IPGRI pour l'Europe. On estime à 10.000 accessions la ressource potentiellement utilisable.

Innover dans les méthodes de recherche

D'autre part, pour rendre cette sélection plus efficace et mieux ciblée, il est nécessaire d'innover dans les méthodes de phénotypage qui restent aujourd'hui trop intégratives. Il s'agit notamment de valoriser les connaissances acquises en modélisation de la croissance pour se focaliser en particulier sur la première phase de la croissance, sur les modalités de la tolérance au stress hydrique, sur les tolérances aux bioagresseurs.

Les concepts et technologies mis au point pour la plante betterave seront utiles aux autres espèces et à ce titre pourront constituer un modèle : simplicité relative des techniques de phénotypage car on s'intéresse principalement à la partie végétative du cycle, hors phénomènes de reproduction sexuée ; simplicité relative du génome et connaissances disponibles déjà importantes (cartes génétiques, séquençage complet...).